生态环保厕所是指具有不对环境造成污染，并且能充分利用各种资源，强调污染物自净和资源循环利用概念和功能的一类厕所。从不同的着眼点出发，目前社会上已经出现了生物自净、水循环利用、物理净化、粪污打包等不同的类型的生态厕所。可以进一步提高处理效果，减轻二次污染，并回收有机生物肥，从而提升城市的整体环保水平。
由于生态厕所具有无污染并且节水等特点。使生态厕所可以广泛地应用于环境和条件受限制的地域。如大型的会议场地、广场、旅游景点等。随着这类厕所应用范围的扩大，极大严密性较高、净化效果较好的集成式生物化粪池发展，从而减少或消除砖砌化粪池严密性不髙造成的地下水源及四周土壤的污染，提高出水水质，降低维修养护难度由于我国地域辽阔，城市人口密度大，生活粪便污水通过广泛使用的普通三格玻璃钢化粪池直接排入河道，对河水的污染极大，是城乡水体的重要污染源。因此在老居民区以及农村集镇村庄，采用集成式生物化粪池更新取代老式化粪池，可以大幅度削减污染量，对保护水环境具有重要的意义。
(2)减少了厕所对外界资源的依赖性，并节省资源
一般生态厕所具备粪便处理回收水的功能，也有一些厕所不使用水冲方式而达到洁净目的。还有一些厕所利用太阳能作为取暖能源。这些厕所在使用上更具有独立性，特别是对水资源的需求减少，从而具备了节水特点。
(3)减少或根除人类粪污带来的环境污染问题
通过各种技术手段或社会分工协作，对厕所收集的粪污进行就地处理或异地处理，使粪污无害化后再回归于环境。在进行粪污处理时，往往会带来一些附加的好处，例如回收了粪污中的有用成份用于制药、制肥或回收水资源。